二代测序数据组装（2）
我们自己整合了一个生信小圈子，意在协助小白打通晋升空间，让生信学习不再有困扰，有需求的可关注后私我！！！\n \n配置文件config.txt\nmax_rd_len=150 #允许的最长的reads，所有数据\n[LIB]\navg_ins=200 #插入片段大小\nreverse_seq=0 #标签根据文库选择，0表示小片段数据\nasm_flags=3 #组装的程度，3表示即构建contig又连接scaffold\nrd_len_cutoff=100 #允许的最长的reads，单组数据\nrank=1#连接scaffold的参数，1k以下选1\npair_num_cutoff=3 #连接scaffold的参数\nmap_len=32 #连接scaffold的参数\nq1=../data/ecoli_R1.fastq.gz\nq2=../data/ecoli_R2.fastq.gz\n \n结果文件\nK41.scafSeq ：拼接好的基因组序列\nK41.scafStatistics ：结果统计文件\n \nSPAdes\nSPAdes 是另一款推荐的二代拼接软件，该软件比较适合小基因组拼接，拼接结果的长度和准确性都很好，但非常消耗计算资源。\n软件官网：https://cab.spbu.ru/software/spades/\n \n·参考脚本\nspades.py -t 6 \\\n-k 51 \\\n–pe-1 1 ./ecoli_R1.fastq.gz –pe-2 1 ./ecoli_R2.fastq.gz \\\n-o spades_out\n·参考脚本\nspades.py -t 6 \\\n-k 51 \\\n–pe-1 1 ./ecoli_R1.fastq.gz –pe-2 1 ./ecoli_R2.fastq.gz \\\n-o spades_out\n \n#生信文章 #生信分析 #计算机科学